穿梭机“克罗吉亚”号安全地停靠在洛诺克号上，但它还不足于应付飞行。艾萨克和诺顿的船员必须齐心协力，从废弃的小型舰队残骸中回收有用零件，然后才能乘坐穿梭机出发。
根据定位器的指示一路来到废弃的飞船突进器附近，使用念力将零件分开即可使同伴拿到推进器引擎。
之后返回小型穿梭机来到洛亚诺克附近收集3个S.C.A.F飞行记录仪。
S.C.A.F飞行记录仪非常容易找到，四散的卫星上就可以获取，找到三个即可，氧气途中可以进行补充，要注意会有一些变异犬进行小规模骚扰，消灭即可。
使用洛亚诺克号维修室的工具台制作好收集到的S.C.A.F飞行记录仪来到克罗吉亚号头部。
使用念力开启控制舱，之后按E键进行安装。装好后进入克罗吉亚的船舱与艾莉对话。
飞船即将起飞，但是飞船上的三个氧气瓶由于老化问题未被安装牢固，使用念力重新安装好即可，来到驾驶室操纵飞船。
接下来的飞行就是左右控制航线与消灭沿途航路的障碍物，没什么难度，只要提前锁定障碍物并攻击即可。
随后飞船发生爆炸，氧气瓶剧烈燃烧，再次使用念力固定氧气瓶，在飞船坠落前消灭沿途的冰山，飞船坠毁在神印的家园T—沃兰提斯雪原，而艾莉也与艾萨克失散。
